学寮時代
| 学寮 能化(のうけ)(学長) | 光善寺 准玄 | （じゅんげん） | 1640年～1647年 |
学林時代
| 初代 能化(のうけ)(学長） | 永照寺 西吟 | （さいぎん） | 1647年～1663年 |
| 二代 能化(のうけ)(学長） | 光隆寺 知空 | （ちくう） | 1663年～1718年 |
| 三代 能化(のうけ)(学長） | 正崇寺 若霖 | （じゃくりん） | 1718年～1735年 |
| 四代 能化(のうけ)(学長） | 正崇寺 法霖 | （ほうりん） | 1736年～1741年 |
| 五代 能化(のうけ)(学長） | 円満寺 義教 | （ぎきょう） | 1755年～1768年 |
| 六代 能化(のうけ)(学長） | 実明院 功存 | （こうぞん） | 1769年～1796年 |
| 七代 能化(のうけ)(学長） | 智洞 | （ちどう） | 1797年～1805年 |
※1805年～学林改革に伴い、能化を改め、「勧学（かんがく）」職（しき）を複数設け、勧学・知事・助教職が集団指導体制で講義を維持継続する。
1883年～学制改革により、勧学6名、司教20名、輔教50名、その他、助教（定員なし）を設け、代表を「主座勧学」とする。
大学林時代
| 八代 綜理（学長） | 足利 義山 | （あしかが ぎざん） | 1898年～1899年 |
| 九代 〃 | 赤松 連城 | （あかまつ れんじょう） | 1899年～1900年 |
仏教大学時代
| 初代 仏教大学学長 | 赤松 連城 | （あかまつ れんじょう） | 1900年～1902年 |
| 二代 〃 | 小山 憲榮 | （こやま けんえい） | 1902年～1903年 |
| 三代 〃 | 武田 篤初 | （たけだ とくしょ） | 1903年～1904年 |
| 四代 〃 | 伊井 智量 | （いい ちりょう） | 1904年～1905年 |
| 五代 〃 | 薗田 宗恵 | （そのだ しゅうえ） | 1905年～1912年 |
| 六代 〃 | 足利 瑞義 | （あしかが ずいぎ） | 1912年～1915年 |
| 七代 〃 | 薗田 宗恵 | （そのだ しゅうえ） | 1915年～1921年 |
| 八代 〃 | 鈴木 法 | （すずき ほっちん） | 1921年～1922年 |
※1922年（大正11年）5月、名称を「龍谷大学」に改める。
龍谷大学時代
| 初代 龍谷大学学長 | 鈴木 法 | （すずき ほっちん） | 1922年～1922年 |
| 二代 〃 | 前田 慧雲 | （まえだ えうん） | 1922年～1929年 |
| 三代 〃 | 弓波 瑞明 | （ゆみは ずいみょう） | 1929年～1931年 |
| 四代 〃 | 花田 凌雲 | （はなだ りょううん） | 1931年～1939年 |
| 五代 〃 | 足利 端義 | （あしかが ずいぎ） | 1939年～1944年 |
| 六代 〃 | 羽渓 了諦 | （はたに りょうたい） | 1944年～1946年 |
| 七代 〃 | 森川 智徳 | （もりかわ ちとく） | 1946年～1958年 |
| 八代 〃 | 増山 顕珠 | （ますやま けんじゅ） | 1958年～1964年 |
| 九代 〃 | 星野 元豊 | （ほしの げんぽう） | 1964年～1969年 |
| 十代 〃 | 武邑 尚邦 | （たけむら しょうほう） | 1972年～1974年 |
| 十一代 〃 | 二葉 憲香 | （ふたば けんこう） | 1976年～1983年 |
| 十二代 〃 | 千葉 乘隆 | （ちば じょうりゅう） | 1983年～1989年 |
| 十三代 〃 | 信楽 峻麿 | （しがらき たかまろ） | 1989年～1995年 |
| 十四代 〃 | 北畠 典生 | （きたばたけ てんせい） | 1995年～1999年 |
| 十五代 〃 | 上山 大峻 | （うえやま だいしゅん） | 1999年～2003年 |
| 十六代 〃 | 神子上 惠群 | （みこがみ えぐん） | 2003年～2007年 |
| 十七代 〃 | 若原 道昭 | （わかはら どうしょう） | 2007年～2011年 |
| 十八代 〃 | 赤松 徹眞 | （あかまつ てっしん） | 2011年～2017年 |
| 十九代 〃 | 入澤 崇 | （いりさわ たかし） | 2017年～ |
